卵巢有囊肿是否会影响怀孕取决于患者是生理性囊肿还是病理性囊肿。
所以,如果患者存在病理性的卵巢囊肿,需要及时去医院采取治疗。比如说卵巢巧克力囊肿和畸胎瘤都可以通过手术的方式将病变组织剥除,术后半年,患者卵巢的功能就可以得到恢复,那么此时患者就可以考虑进行备孕。