偏头痛的具体病因目前还不是十分明确。可能和遗传、内分泌、精神心理因素、环境因素、饮食、体力活动、睡眠不足、环境变化、口服某些药物等有关。
很多偏头痛的患者都有家族史,研究表明它有一定的常染色体显性遗传性。大部分偏头痛患者是女性,尤其是青春期、月经期比较多见,绝经后发作减少,可能和内分泌有关。进食含苯乙胺的巧克力,含亚硝酸盐的腌制食品,含酪胺的奶酪,含谷氨酸钠、阿斯巴甜等食品添加剂的食物,以及含咖啡因较高的食物都可以诱发偏头痛。生活压力过大,强烈的声光刺激、睡眠不足、剧烈体育运动、天气变化、口服某些药物也能诱发偏头痛发作。