怀孕两个月有褐色分泌物,首先明确是否存在少量出血;若是出血,需要明确是否存在胎停育或者先兆流产的情况。建议及时去医院妇科就诊,通过监测血孕酮、HCG数值,明确激素水平;通过彩超检查明确孕囊位置,是宫内孕还是宫外孕。找到具体病因后,遵医嘱对症治疗。另外,还需要结合是否存在阴道瘙痒、异味等炎性表现,可以进行阴道分泌物检查,明确致病菌。孕期用药需谨慎,可以先使用妇科洗液进行冲洗,观察症状是否缓解。若不缓解就需要在医生指导下应用抗炎药物治疗。