怀孕40天肚子疼应及时做超声诊断,应优先排除异位妊娠。如果确实是宫内妊娠,则可能是先兆流产。可以再次检测血液中的HCG和孕酮。如有必要可以在医生的指导下口服黄体酮或者维生素E,注意绝对卧床休息,以保护胎儿。同时禁止同房以避免因过度刺激而导致流产。此外,由于孕早期盆腔充血,有些人会感到小腹轻微疼痛和不适,只要超声波和实验室检查没有异常,就可以暂时观察。需注意休息,避免剧烈活动,尽量减少对孕妇腹部挤压和其他刺激的影响,以免病情加重。