生化流产通常是由于受精卵质量低下导致的。受精卵形成之后,没能在子宫内生长发育,以至于在着床前、着床期、着床后的三周内终止了发育。除了可能导致女性下次月经拖后以外,几乎没有引起女性身体的任何变化。所以生化流产也是一种超早期的自然流产,是身体的保护性反应。导致受精卵质量低下的原因,最常见于精子、卵子本身的质量存在问题,老化之后受精是最常见的因素,其他次要的因素,还会有胚胎的染色体问题、孕激素分泌不足,以及免疫因素等等。