巧克力囊肿手术以后是有机会自已怀孕的。巧克力囊肿是一种良性囊肿,可以通过腹腔镜手术来进行治疗。治疗后保留卵巢,这样可以保持女性的生育能力。巧克力囊肿手术之后,一般建议是尽早的怀孕,因为怀孕之后月经就不会来了,对巧克力囊肿的治疗恢复有一定的帮助的。怀孕不光可以起到预防巧克力囊肿的作用,对于治疗微小的巧克力囊肿也可以起到一定的作用。但如果术中发现盆腔粘连严重,卵巢组织破坏的多,经术后积极治疗半年后仍没有怀孕,建议尽快就诊于生殖医学科尽快治疗,减少复发,影响再次怀孕。