患有巧克力囊肿可以同房。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种,这种囊肿会影响卵巢窦卵泡的数量及质量,影响卵泡的生长和发育,会引起不孕,怀孕以后还容易流产。另外,巧克力囊肿还会引起痛经,不会影响性生活质量。如果有巧克力囊肿,可以适当的性生活。巧克力囊肿引起痛经和不孕,需要在医生指导下进行药物治疗和手术治疗,如果病情不严重,可以采取药物治疗,药物保守治疗效果不明显时,需要进行手术治疗。手术治疗有腹腔镜手术和普通开腹手术,建议根据自身情况选择合适的手术方法。