巧克力囊肿的严重程度要根据囊肿的大小、患者的症状以及生育需求来分析。如果患者没有症状,也没有生育需求,那么巧克力囊肿并不严重,一般不需要采取治疗措施,定期复查即可,发生恶变的可能性非常小。如果患者有痛经、月经异常等症状,并且有生育需求,那么有巧克力囊肿就比较严重了,不但影响工作及生活,还有可能会影响女性的生育能力,此时应进一步检查,判断囊肿的大小、部位,然后再根据检查结果采取治疗措施,必要时可以考虑手术治疗。