巧克力囊肿主要是由以下原因引起的:1.内分泌因素, 由于经常熬夜等不良的生活习惯,导致内分泌失调,这样就容易引起巧克力囊肿的发生;2.输卵管异常,由于输卵管堵塞,再加上身体机能减退,导致卵子和垃圾排不出去而堆积在卵巢内,就会形成巧克力囊肿;3.其他因素,由于阴道闭锁、宫颈口狭小、多次人工流产、经期性生活等,导致月经血不能全部从阴道排出,就会引发巧克力囊肿。