巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。药物治疗可选用非甾体类抗炎药,但是只能缓解痛经,不能改善生育功能。还可以使用避孕药、孕激素及米非司酮,都是作用于子宫内膜,使病灶萎缩或内膜蜕膜化,子宫内膜不脱落,减轻疼痛。还可以使用Gnrh-a制剂,相当于药物性切除卵巢,从而闭经,减轻痛经。如果药物治疗后症状不缓解,巧克力囊肿较大,应行腹腔镜手术治疗。