卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要有以下几种:观察、药物、手术等。对于症轻或无症状的小囊肿可以先观察。对于较大的巧克力囊肿,可能影响到卵巢功能导致不孕或者怀疑有恶变可能的,建议采用手术治疗。药物治疗临床上常用促性腺激素释放激素激动剂。手术的方式也有多种,一般根据患者病变严重程度以及治疗需求,可以选择保留生育功能的手术或根治性手术等,具体诊疗方案当个性化选择。针对不孕患者而言,可以根据生育需要,给予促排卵、宫腔内人工授精、试管婴儿等辅助生育技术治疗。