患者主要表现为下腹痛,月经异常和不孕,排便异常或便血。症状特征大多与月经周期密切相关,有25%患者无任何症状。疼痛是主要症状,可表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛及急腹痛。月经异常可出现经量增多、经期延长或月经淋漓不尽或经前期点滴出血等月经异常的表现。巧克力囊肿的患者可出现不孕。巧克力囊肿破裂时可发生急腹痛。巧克力囊肿可以发生恶变。如检查发现巧克力囊肿,需及时进行检查治疗。