巧克力囊肿的患者大多情况下会影响怀孕。巧克力囊肿是属于患者体内高水平的激素刺激引起的病理性改变。因为激素的作用,所以一般情况下会影响正常的怀孕,但是也有怀孕的可能。在怀孕后,胎儿的发育因为受到激素水平的影响,所以可能会导致胎儿终止发育或者导致畸形、流产、早产。在临床上,建议先进行巧克力囊肿的治疗,再备孕。巧克力囊肿的复发概率很高,所以即使是在专业医生的指导下进行了药物或者手术治疗,也应该定期去医院复查。