巧克力囊肿是不能自愈的,巧克力囊肿是由于子宫内的内膜组织异位到卵巢上周期性的生长萎缩而形成的,自愈的可能性不大,除非绝经后,月经不再来潮,巧克力囊肿才可以慢慢自行吸收。该病的症状主要表现为痛经,并且呈逐渐加重的趋势。临床上,一般选择手术治疗,不过术后存在复发的可能,需要继续用药物来抗复发,一般是用药物造成假绝经。