一般而言,巧克力囊肿的病因以及发病机制尚未完全阐明,可能与以下几种因素有关:
患者月经期脱落的子宫内膜会随经血逆流,经输卵管后种植于卵巢,在卵巢进行生长、蔓延。另外,也有观点认为,脱落的子宫内膜也可通过淋巴及静脉种植在卵巢。
巧克力囊肿这一疾病具有家族聚集性,可能与遗传因素有关。
子宫内膜随经血逆流,患者体内的免疫系统可能会被激活。若患者的免疫系统异常,子宫内膜细胞未被消除,则很可能发展为卵巢子宫内膜异位症,从而诱发巧克力囊肿。