子宫内膜异位症的原因常见的有异位种植学说、体腔上皮化生学说以及遗传因素等。
月经期脱落的子宫内膜,随经血发生逆流时移动到身体的其他部位并且侵入黏膜,可能会造成侵入处的皮肤或黏膜出现增殖,引起子宫内膜异位症。
卵巢或盆腔中的体腔上皮受到炎症、性激素的反复刺激,转变为子宫内膜样组织,就可能发生子宫内膜异位症。
子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性,如果母亲患有子宫内膜异位症,其女儿患有子宫内膜异位症的几率会增加。