试管婴儿与自然妊娠的婴儿相比,主要是受孕方式有所区别。试管婴儿主要是通过取出女方卵巢内的卵子后,将男方的精子加入进去,在体外受精,从而形成胚胎,胚胎在培养箱内培养3至5天或冷冻一段时间后解冻,移植至女方的子宫里,使胚胎继续着床发育,继而增长为胎儿。而自然妊娠的婴儿主要是男女双方进行性生活后,精子通过生殖道与女性卵子结合形成胚胎。
除此之外,试管婴儿与自然妊娠的婴儿在体能、智力、人格、生长发育等方面并没有明显差别,因此若不孕不育的夫妻双方符合试管婴儿指征,可以通过试管婴儿的方式来辅助生育。