绝经后卵巢囊肿是否会自己消失是分情况的,具体如下:1、如果是生理性的囊肿,如卵泡囊肿、黄体囊肿等,主要与卵巢内卵泡排出卵子有关,在绝经之后,不会有相关的诱发因素,囊肿会消失。2、如果是卵巢子宫内膜异位囊肿,囊肿的产生以及增大与月经来潮以及雌激素的刺激有关,如果比较小的,不严重的卵巢囊肿,可以自己消失,如果比较大,导致严重的腹痛,不应等待囊肿消失,需要及时进行手术治疗。如果是卵巢囊腺瘤,一般是不可以自己消失的,需要进行手术治疗。