卵巢囊肿是否会消失是根据卵巢囊肿的具体情况来定。如果卵巢囊肿是由卵泡发育和排卵后黄体吸收的过程中形成的,并且囊肿小,这种情况下就是生理性卵巢囊肿,是会自己消失的;如果在检查时发现囊肿大或持续存在,就考虑是病理性囊肿,一般常见的病理性囊肿有卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤、成熟性囊性畸胎瘤、卵巢巧克力囊肿等。一旦发生病理性囊肿,应采用手术的方法进行治疗。