巧克力囊肿术后女性的卵巢是否能恢复正常,要看具体情况。对于症状较重的巧克力囊肿患者,如果有生育要求,可以采取保守性手术方法,例如进行内膜囊肿剥除术,或者患侧卵巢切除术,以保留卵巢的正常生育功能。由于巧克力囊肿容易引起盆腔的粘连,通常要分离盆腔的粘连,还要剥除卵巢内的巧克力囊肿囊壁,在剥除的过程中,有可能会损伤到卵巢的部分正常的组织,有可能会影响到卵巢功能的恢复。若是女性对侧卵巢正常,一般能够维持正常的卵巢功能。如果术中破坏了较多的卵巢正常组织,卵巢功能可能就没有办法恢复。