一般良性的卵巢囊肿对怀孕的影响不大,卵巢上的滤泡囊肿、黄素化囊肿通常能在三个月以内自行消退,对卵巢功能也无明显影响,故而认为基本不影响怀孕。但是较大的卵巢囊肿也会影响卵泡的正常发育,或改变卵巢的位置,影响输卵管对卵子的拾取,从而影响怀孕。
另一类卵巢的巧克力囊肿,也就是卵巢子宫内膜异位囊肿,因为会不同程度的影响卵巢排卵功能,并对盆腔的免疫环境造成不良影响,所以会影响怀孕。