扁平苔藓的病因目前尚不清楚,机体内的免疫因素主要为细胞免疫,少数情况可继发体液免疫、遗传因素、病毒感染相对明确的病毒是丙型肝炎病毒、神经精神因素等,部分患者可合并自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮、白癜风、皮肌炎、溃疡性结肠炎、硬皮病或恶性肿瘤等,都可能导致本病的发生。
有些因素也可能诱发或加重本病,如服用解热镇痛药物、注射流感疫苗或接触某些化工原料等等。越来越多的证据也同时表明扁平苔藓属于T细胞介导的针对基底细胞的自身免疫性疾病。