导致胚胎停止发育的原因包括胚胎因素、母体因素、免疫功能异常、环境因素和血栓前状态。其中最常见的原因是胚胎因素,染色体异常是导致胎停育最常见的原因;母体因素,例如:子宫发育不良、黏膜下子宫肌瘤、孕妇患严重感染、慢性肾炎、高血压、甲状腺功能减退、严重糖尿病、黄体功能不足、吸烟、酗酒等。免疫功能异常常见的有抗磷脂综合征、抗精子抗体存在、封闭抗体不足等;环境中过多接触放射线和化学物质也可引起胚胎停止发育。有血栓前状态的患者会影响胚胎的血供,影响胚胎生长发育甚至流产。