肠镜可以检查出部分肛瘘,一般肛瘘有内口、外口。内口在直肠内、肛门腺附近,而外口可以在不同部位,如肛门周围皮肤,甚至于臀部、大腿。内口大部分不是很清晰,在肛门镜或者直肠镜下很少有清晰可见的情况。肛瘘辅助检查一般不选择直肠镜,因为肠镜能看到肛瘘内口的情况比较少。肠镜主要检查直肠炎、直肠息肉、直肠癌、结肠炎、结肠息肉、结肠癌、巨结肠,对内痔有一定的诊断作用。
肛瘘早期表现出局部红肿、疼痛,当破溃后可能反复有脓血便,脓血从破溃口流出,长期不愈,可以摸到肛周有一些条索状硬结。另外还伴有肛门坠胀、不适的感觉。