生化妊娠是受精卵形成之后,没能在子宫内着床发育,在不知不觉中排出体外,而自然流产是胚胎已经在宫内着床,由于非人为目的发生了流产,称为自然流产。发生生化妊娠的原因通常是由于受精卵质量低下导致的,受到了身体优胜劣汰的鉴别之后发生了保护性的反应。受精卵质量低下常见的原因是本身的质量问题,或者是精子卵子在射精或排卵之后很长时间之后老化引起的,这也是比较常见的原因。而自然流产常见的原因有胚胎染色体异常、母体全身性疾病、内分泌因素、以及免疫异常,和接触了有毒、有害的物质引起的流产。