孕酮低主要是由以下原因造成的:1.黄体功能不全,由于体内的卵巢黄体发育不全,从而就会导致孕酮的含量降低,出现孕酮低的现象;2.肾上腺、甲状腺功能失调,由于体内的肾上腺、甲状腺功能严重失调,这样的话就会影响到卵巢的正常功能,导致女性排卵障碍,从而就会造成孕酮低的现象;3.其他原因,比如患有多囊卵巢综合征、无排卵型功能失调子宫出血、妊娠性胎盘功能不良等,这些均会造成孕酮低。