生化妊娠和自然流产在多方面均存在不同。生化妊娠一般发生在妊娠5周以内,经抽血化验发现血中HCG有升高,但后续检查时发现HCG逐渐下降,并且B超下从未看到宫腔内有胚胎,HCG最终自己转阴。患者可能自己都没有察觉到,认为自己只是来了一次月经。该情况严格来说不属于真正的流产,被称为亚临床妊娠。而自然流产的发生则可能于停经后任意时间,HCG可能达到峰值,B超下也可以看到宫腔中的胚胎,但是由于多种原因最终造成流产,可以看到胚胎组织的排出,并且流产时可能伴有腹痛、阴道不规则流血。