大姨妈时间长总不干净的原因有:1、自身的激素分泌紊乱导致;2、子宫内膜异常导致出现这种情况。同时月经长时间不干净也有可能是由内分泌失调和黄体萎缩引起的,也可能与子宫内膜息肉、子宫肌瘤等疾病有关。如果月经长时间总是不干净,那么建议去当地正规医院妇科进行六项性激素和妇科检查,做出明确诊断。如果是黄体萎缩引起的,可以用中药或西药来调经。如果是子宫内膜息肉引起的,可以在宫腔镜下切除子宫内膜息肉。这就需要根据不同的情况,来决定处理的方式。