确切的病因尚不十分清楚。在一些慢性疾病如女性生殖器疾病和月经失调、痛经、子宫附件炎、不孕症等,肝脏病慢性乙醇中毒、内脏肿瘤、结核病等患者中常发生黄褐斑。
其次,黄褐斑与自身免疫性甲状腺疾病存在连锁遗传方式,自身免疫性甲状腺病患者更易患黄褐斑。
另外,长期应用某些药物如氯丙嗪、苯妥英等也可诱发黄褐斑样皮损。口服安体舒通亦能诱发黄褐斑,机制不清,可能与其抗雄激素有关。还有研究认为本病可能与遗传素质亦有关系。