胚胎停育的原因包括母体因素和胚胎因素。
当母体存在梅毒螺旋体、流感病毒、巨细胞病毒、支原体、衣原体、弓形虫、单纯疱疹病毒感染时可引起胎儿染色体畸变而致胚胎停育;孕妇患心力衰竭、严重贫血、高血压、慢性肾炎及严重营养不良等缺血缺氧性疾病亦可导致胚胎停育;甲状腺功能低下、严重的糖尿病血糖未控制均可导致胚胎停育;母儿血型不合、孕妇抗磷脂抗体产生过多、夫妇抗精子抗体的存在,均可导致胚胎停育。
胚胎染色体异常是胚胎停育的主要原因,胚胎停育子代检查发现50%-60%有染色体异常,夫妇任何一方有染色体异常均可传至胚胎导致胚胎停育,除遗传因素外,感染、药物等不良作用亦可引起胚胎染色体异常而致胚胎停育。