子宫内膜异位囊肿术后复发率大约在40%左右。子宫内膜异位囊肿,如果发生在卵巢部位,称为巧克力囊肿。巧克力囊肿在进行手术剔除术治疗时,复发率可能会达到40%左右。如果女性患者尚未生育,在手术结束后,身体恢复良好的情况下,要及时尽快怀孕。随着手术结束的时间延长,如果周围组织出现粘连或者病情复发,就会降低怀孕的概率,影响怀孕,甚至出现不孕不育。对于已经绝经,没有生育要求的女性患者,可以进行根治性手术,这种手术一般不会导致复发。