手术可以治疗胃肠间质瘤。手术治疗是胃肠间质瘤的首选治疗方案。胃肠间质瘤有些是恶性的,有些是良性的,即使是良性的胃肠间质瘤也有潜在恶性的特性。而且间质瘤具有比较丰富的血液供应,质地比较脆弱,发生恶变后容易发生血行和腹膜转移,所以一旦确诊为胃肠间质瘤,原则上都应尽快进行手术治疗。对胃肠间质瘤进行手术治疗时不能单纯的摘除肿瘤,而是要切除包括肿瘤在内的一部分正常组织,切除的范围至少是距离肿瘤外缘3.0厘米及以上。如果能够将肿瘤完全切除干净,患者的5年生存率相对比较高。