功能性胃肠病的严重程度存在个体差异。大多数功能性胃肠病的患者症状轻微,主要表现为轻微的腹痛以及腹泻、腹胀症状,大便中可能会有黏液,但是没有血液。给患者禁食7小时左右,这些症状基本上都会消失,夜间一般没有明显的表现。进行适当的饮食调理以及药物治疗以后,一般都能够达到治愈的效果,通常不影响患者的寿命。但是,也有个别功能性胃肠病的患者病情比较顽固,临床症状比较严重,出现反复发作的现象,需要长期治疗。甚至还有个别患者可能会合并有神经性厌食症,女性可能会出现继发性闭经。