轻微的功能性胃肠病有可能自愈,严重的功能性胃肠病不能自愈。患功能性胃肠病的原因,主要与不良的饮食习惯以及自身的情绪反应、遗传因素有关。病症比较轻微的功能性胃肠病患者,通过调整自己的饮食习惯,并且对精神心理因素进行干预,其临床症状有可能自动消失,达到自愈的效果。比较严重的功能性胃肠病患者,尤其是伴有严重的精神心理反应的功能性胃肠病,不进行治疗一般不能自愈,需要根据具体病情给予对症治疗,以及针对精神心理因素给予适当的药物治疗,促进康复。