在临床上,痛经是子宫内膜异位症最典型的症状,呈继发性伴进行性加重,常于月经来潮前1~2天开始,经期第1天最重,以后逐渐减轻,部分患者会有性交痛。子宫内膜异位至膀胱者,出现有周期性尿频、尿痛、血尿。腹壁瘢痕子宫内膜异位症则出现周期性局部肿块及疼痛。肠道子宫内膜异位症患者可出现腹痛、腹泻或便秘,甚至有周期性少量便血。异位内膜侵犯和压迫输尿管时,可出现一侧腰痛和血尿,但极罕见。同时子宫内膜异位症患者常伴有不孕,子宫内膜异位症患者中,不孕率40%~50%。