毛囊炎的基本病因是感染,最常见的病原菌是金黄色葡萄球菌,这种细菌平时位于人体皮肤或鼻腔粘膜表面,不会对人体造成伤害,但是当皮肤和毛囊受到损伤,例如皮肤外伤、刮胡子、拔毛发,穿紧身衣物,摩擦皮肤,多汗化妆品刺激等、刺激或毛囊发生淤滞,细菌则容易进入皮肤内部,感染一个或多个毛囊,引起毛囊炎。
此外,还有少部分毛囊炎由革兰阴性菌引起,例如卫生条件不佳的热水浴缸或游泳池中,常见铜绿假单胞菌,可感染引起毛囊炎。一些真菌,如马拉色菌,是一种存在于正常皮肤的真菌,可引起胸背等部位的孤立分布的红色丘疹,称为马拉色菌毛囊炎。