孕酮低的原因有很多。孕酮对于维持正常月经周期和正常妊娠具有重要作用。非妊娠期的女性孕酮低的原因可能是卵巢黄体发育不全导致孕酮含量较低,可能是闭经,可能是肾上腺及甲状腺功能异常导致卵巢功能异常,排卵障碍,孕酮含量降低,还可能为患有不孕症的女性孕酮含量低。怀孕期间的女性孕酮含量低的原因除了黄体功能不全和甲状腺肾上腺疾病外还可能为先兆流产,可能是异位妊娠如宫外孕,可能为胎盘功能衰退,可能为早产,不同的孕期孕酮值的含量也不同。