可以通过手术的方式来治疗大部分的胃肠间质瘤。根据其病理分型,可以将胃肠间质瘤分为恶性和良性两类。对于大多数的良性胃肠间质瘤,一般可以通过手术来切除。
对于早期的恶性胃肠间质瘤,也可以通过手术的方式来切除病变部位,提高患者的生存率。但是由于局部血供较丰富,质地较脆弱,所以较易发生腹膜转移和血行转移。对于未发生扩散和转移者,可以通过手术来治疗,必要时还需要进行淋巴结清扫等。对于已经出现血行转移和腹膜转移的胃肠间质瘤患者,则不宜进行手术治疗。