尖锐湿疣应该与假性湿疣、阴茎珍珠样丘疹、扁平湿疣等疾病区分开。
假性湿疣的病灶主要发生在女性的小阴唇内侧、阴道前庭,表现为对称分布的多发性皮损,皮损呈绒毛状、鱼子状、颗粒状突起,形态规则。
阴茎珍珠样丘疹主要发生在男性的冠状沟边缘,表现为细小的丝状或圆锥状凸起,呈行状排列,皮疹之间互不融合,长时间没有变化。
扁平湿疣主要表现为基底比较宽的褐红色斑块,表面扁平,容易糜烂,少数病例可能出现乳头状增生物,需要做梅毒螺旋体检查进一步区分和确诊。