溃疡性结肠炎的鉴别主要是一些急性的感染性的肠炎、阿米巴病、肠道血吸虫病,以及其他一些肠结核、真菌性的肠炎,抗生素相关的包括艰难梭状芽孢菌、角膜性肠炎进行鉴别,还有一些肠病、胶原性结肠炎、结肠息肉这些疾病进行鉴别。一些HIV感染合并结肠病变的病人检查可以发现一些结肠轻度的炎症,也需要进行鉴别。
溃疡性结肠炎的病人还有一个需要关注的就是病情反复、反复的发烧或者反复的感染,或者用药进行内科治疗以后效果不佳的病人,怀疑是不是艰难梭菌和巨细胞病株的感染。