经颅磁刺激可以用来治疗帕金森病等神经退行性疾病,还可以用来治疗癫痫等颅脑神经元异常放电性疾病。经颅磁刺激主要通过刺激大脑产生生物电来起到对颅脑产生兴奋性刺激或抑制性刺激的作用。抑制性刺激可以用于治疗帕金森患者的静止性震颤以及肌强直等运动障碍,还可以用来治疗癫痫患者的癫痫发作。兴奋性刺激作用于大脑皮层可以用于精神、意识障碍的患者恢复脑电活动。另外,经颅磁刺激还可以用来治疗幻听、耳鸣等前庭功能障碍性疾病。