HPV最有效的清除方式是人体免疫力的提高。目前为止,还没有任何一种药物可以有效地清除人乳头瘤病毒。在免疫功能正常的女性身上,这种病毒感染通常只是暂时的,大部分患者在七到十二个月后宫颈人乳头瘤病毒可以自动清除,只有部分高危型的HPV感染会持续发生数年以上。影响HPV清除的因素除了免疫功能之外,还包括HPV感染的类型、体内病毒载量以及被感染者的营养状况和治疗史等。此外,HPV感染者还需要严格注意性伴侣的感染情况,避免持续的交叉感染。