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早产儿矮小的原因主要有营养摄入不足、生长激素缺乏、脑发育不良以及缺血缺氧性脑病、先天性甲状腺功能低下、某些遗传代谢性疾病等。
此外,部分早产儿可能存在甲状腺发育异常或者是某些遗传代谢性疾病等情况,尤其先天性甲状腺功能低下,也可能会影响身高的发育,从而出现矮小。