脑炎的诊断的金标准除特征性的临床表现外,还需要结合一系列的实验室检查与影像学检查加以鉴别。细菌性脑炎患者中,其血常规的白细胞与中性粒细胞显著升高,脑脊液中压力增高、细胞数量增多、蛋白增高、糖与氯化物含量减少以及细菌培养呈阳性。病毒性脑炎患者脑脊液中淋巴细胞数量显著增加,蛋白轻度增高而糖与氯化物含量正常。结核性脑炎患者的脑脊液的典型改变为结核菌培养阳性。而对于自身免疫性脑炎患者,其主要的确诊实验时血清与脑脊液的抗神经抗体检测,如抗NMDAR抗体与抗GAD抗体阳性等。