肾结石微创手术的后遗症主要有:1、体外冲击波碎石:该种方法是治疗肾结石常用的方式,但是应用次数不可过多,应用次数过多会导致血管脆化、狭窄、肾脏萎缩。2、经尿道输尿管镜碎石术:具有存在不可控性,可能会引起尿道狭窄、尿路感染、结石残留、术后出血等。3、经皮肾镜碎石术:直接由皮肤进入肾脏内,可能会造成肾脏的损伤,造成继发性出血。肾结石微创手术相关技能较为成熟,术后出现后遗症,一般是由于医生手术操作不当,或者是患者术后未做好护理方面的事宜所致。