眼部扁平疣如果病程比较短,而且疣体比较小,可以配合医生口服抗病毒药物或者外涂干扰素药膏等进行治疗;如果药物治疗的效果不是特别明显,或者病程较长,也可以考虑用物理手术的方法将疣体去除,比如液氮冷冻术或者二氧化碳激光治疗等。眼部扁平疣患者在治疗期间,要做好日常的防晒工作,外出时尽量佩戴口罩或者防晒帽,避免局部皮肤受到外伤或者感染,同时患者也需适当调整饮食结构,避免食用辛辣、刺激的食物,以免影响治疗效果。