胃肠道间质瘤的病因主要认为是由于基因突变。诱发因素可能有辐射、化学毒物、药物,还可能有一部分遗传因素。胃肠间质瘤的发病原因主要是由于C-KIT基因的突变导致,CD117蛋白的大量的扩增,从而引起了胃间质瘤组织的瘤性改变和无限极的繁殖形成了肿瘤。所以诱发基因突变的因素就有可能引起胃肠道间质瘤。不良习惯:过度饮酒、大量吸烟等习惯有可能诱发。病毒感染、长期接触化学毒物、环境中的放射性元素都可能诱发。还有某些遗传疾病也有可能增加患胃肠道间质瘤的风险。