沙眼衣原体不会自愈,可以引起泌尿生殖道系统疾病,可以引起沙眼等。沙眼衣原体是一种细胞内寄生的微生物,与细菌类似,主要寄居于人体的泌尿生殖系统的黏膜上皮里面,感染了沙眼衣原体之后,经过一段时间之后,只有极少数人可能会自然愈合,多数人则会慢性化,迁延不愈,甚至通过性接触传染其他人,还可能逆行传染。感染沙眼衣原体之后,还是应当积极的治疗。沙眼衣原体引起的尿道炎一般可以口服左氧氟沙星、克拉霉素、罗红霉素等治疗。具体使用的药物需要谨遵医嘱,不要盲目用药。