如果附件囊肿是卵巢囊肿的话就有可能会影响月经。一般的生理性卵巢囊肿或者是卵巢囊肿较为小的可能不会对月经产生影响,但是如果卵巢囊肿体积比较大的时候,或者是一些特殊的,比如说巧克力囊肿,就会对月经产生一定的影响。卵巢囊肿对卵巢的正常生理功能有一定程度的影响,而卵巢是女性月经调节的一个重要器官,它可以分泌雌激素和孕激素,这些激素的正常水平是女性月经的重要条件,所以卵巢囊肿在一定程度上是会影响月经的。建议去正规医院进行检查,积极配合治疗。