引起男性小便疼痛的原因比较多，可能是泌尿系统感染、结石炎症等原因导致。男性如果有泌尿系统炎症，可能除了小便疼痛之外，还会伴随着尿频、尿急、尿道口红肿或者分泌物增多等现象，可以去医院做尿常规或者分泌物检测，根据检测结果对症使用抗生素治疗。
如果男性有泌尿系统结石，比如膀胱结石、尿道结石、肾脏结石，可能会由于结石的原因导致尿道黏膜损伤而出现小便刺痛的情况，治疗时需要通过口服排石药物或者微创手术等方式取出结石。